Tras regresar del viaje de fin de año y de encargarse de un asuntillo que tenía pendiente, Kyon se dispone a empezar el nuevo año con toda la Brigada SOS. Sin embargo, Haruhi vuelve a caer en un estado melancólico bastante extraño, y aunque la cosa le preocupa a Kyon, una visita inesperada y enigmática proveniente de una semana en el futuro atraerá toda su atención, ya que deberá descubrir cual es el motivo de esta visita mientras va resiguiendo los pasos que hizo la brigada durante esta semana, al tiempo que recibe unas extraña instrucciones de unas cartas provenientes del futuro. ¿Cual es motivo de esto? Solo una persona parece saberlo...