Kyon es un estudiante normal que busca llevar una vida normal al empezar el instituto. Pero para su desgracia se encontrará con Haruhi Suzumiya, una extraña chica que detesta todo lo que sea normal. A ella solo le interesan los aliens, viajeros del tiempo, gente con poderes paraormales, etc... Kyon se verá arrastrado por este torrente que es Haruhi hasta acabar formando parte de la Brigada SOS, el club creado por Suzumiya para desvelar todos los misterios del mundo, junto con otros tres miembros más, tanto o más extravagantes que la propia Haruhi.